Kabakçı Mustafa’da, Osmanlı Devleti’nde bitmek tükenmek bilmeyen isyanların ve elebaşlarının bir değerlendirmesi yapıldıktan sonra Üçüncü Selim döneminin musiki ve sanat hayatı, Osmanlı yöneticilerinin kişilikleri ve dış siyasetin durumu, elebaşılığını Kabakçı Mustafa’nın yaptığı isyan, isyancılar ve isyanı izleyen günlerin olayları anlatılıyor. Altınay, kitabının ilk sayfasında bu konuları şu alt başlıklarla sunuyor: Osmanlı İhtilâllerinin Mahiyeti, İsyan Reisleri, Kabakçı Mustafa, Ulema ve Yeniçeriler, Üçüncü Selim Devrinde Sanat ve Musiki, Siyaset-i Hariciye, Kabakçı’nın İsyanı, Üçüncü Selim’in Hal’i, Türediler Saltanatı, Alemdar.